Introduction to 3dmod, Version 3.1.6

 

Putting a skin on model data

 Skinningはcontour dataから三次元的な表面を算出するために用いられる名前である。一度算出されたこの表面は、各objectに供給される3角の網目で示される。Objectのcontour pointsが編集されると、objectのmeshはcontour dataに一致するように再計算されなければならない。Imodmesh programはモデル内のcontour dataからmeshを計算するために用いられなければならない。Skinning計算は大きなobjectでは時間がかかる。

 

 Example moderuにスキンを張るために、このコマンドが用いられた。

 imodmesh C t 1 d 10 example.mod

 

 デフォルトによって、imodmeshは、Contourの対の間のみにmeshを構築する。最高値と最低値のcontourをつなぐためのものがないので、それはclosed contourのtopとbottomで穴を残す。-C optionはimodmeshに、これらの穴を覆うよう、もしくはキャップをはずすよう命じる。

 

 右図でのモデルビューにおいて、微小管のラインはチューブとして見える、なぜならimodmeshがそれらの周囲に円筒形のmeshを構築したからである。それはこの-t optionのためである。-t optionは、管状のmeshにふられたopen object numberのリストにしたがう(ここでは、object 1)。-d optionはその後チューブの直径(ここでは、10ピクセル)を条件として指定するために用いられる。

 

 あなたが3dmodでモデリングし、モデルを保存し、imodmesh作動させ、3dmodvでmeshしたモデルを見て、その後3dmodでモデリングを続け、meshしていないモデルを保存してしまう場合、あなたのmeshしたモデルは容易に失われる。この問題を避けるためには2つの方法がある。Imodmeshを作動させる前に3dmodを終了する。すると、3dmodを再び起動するときmeshしたモデルで進められる。もしくは、imodmeshを起動させた後、必ず3dmodに戻ってmeshしたモデルを読み込みなさい。With open model entry in the file menu.

 

時々mesh data 構造はかなり大きいので、相互に影響するビューが非常に遅くなる。低い解像度でmeshをつくるには2つの方法があり、それは、contour内のpointをスキップするための-R optionと、Zレベルをスキップするための-i opitonである。-R optionを共に用いると、imodmeshは、残存するpoint間のライン断片について、ある距離以内にあるpointをスキップする。このようにしてカーブの形状を維持する。たとえば、

imodmesh C o 4 R 0.75 i 2 example.mod

ここで、新しいmeshがobject 4 (-o 4)のみにつくられる。そしてpointがスキップされるが、表面はmeshが元のdata(-R0.75)のピクセル以内にあることによって決定した。さらに、-i 2がつくるimodmesh他のZ面毎(すなわち、Zの間隔が2)につなぎ、2によってmesh sizeを減らす。

 

あなたがimodmeshを起動するたびに、存在するfileがその名前に~を加えられてbackup fileとして保存される。Imodmeshに-e opitonを使って、あなたのモデルからmesh data全てを消去することができる。

 

Imodmeshは、標準のmeshと一緒に、低解像meshを提供するために-l opitonをもっている。したがって、大きなモデルは低解像モードで迅速に巧みに処理され、その後詳細を研究するために高解像モードに切り替えることができる。その他一般に必要とされるoptionは、ギャップを渡ってcontourをつなぐための-sやPである。詳細はImodmesh man page を見てください。

 

Advanced topics

このセクションはあなたに3dmodの幾つかの機能を気づかせるためにあります。したがって、必要が生じたときに調べてください。詳細については関連したダイアログボックス、もしくは3dmod man pageについてのヘルプウィンドウを見てください。 はじめに、僅かなアイテムがcontour/surface/point windowに関連し、ここに示されている。

 

l          Surface. Surfaceが、objectとcontour間の組織化に関する任意のレベルにある。それらは、あなたが、それぞれ異なるobjectをつくらずに、ある種の多くの構造物の軌跡を維持したいとき特に役に立つ。定量的情報はそれぞれ異なるsurfaceのために運ばれる。このダイアログボックスの一番上のsectionは、surfaceの至る所でcreatingやnavigatingのための幾つかの制御を持つ。そしてそれのヘルプウィンドウは、それらについての多くの情報を持つ。

l          Open and closed contours. closed contour object中の幾つかのcontourが、openとして決定される。Openはそれらのstarting pointとending pointがつながれないことを意味する。これはdata setの境界線によって、部分的にもしくは完全にカットされない形態をモデル化するときに役に立つ。詳細については、このダイアログボックスのヘルプウィンドウと同様に、imodmesh man pageを見てください。

l          4D modeling. 3dmodが複数のイメージfileをロードする。それはtimeと呼ばれる4次元を占めている。このように、object中のcontourが異なるtimeに存在しうる。

l          Point sizes. Scattered point object中の全てのpointは同じサイズで存在する必要はない。個々のpointは、このダイアログボックスのpoint sectionでの制御を用いて、異なるサイズで得られる。形態周囲にclosed contourを引くため、そして同じ半径を持つscatterd pointに変換されるそれを持つ方法さえある(Edit-Contour-Move menu entryからアクセスされるダイアロブボックスを見てください。)。

l          Ghost displays. あなたは、次のcontourを引く場所を見つけるのを助けるために、隣接したセクションにあるcontourのghostを、現在のセクションに投影することができます。

l          Preferences. あなたは3 mouse buttonの割り当てのような、3dmodセッションに提供されるpreferenceをセットすることができます。3dmod Preferenceダイアログボックスを開くために、Edit-Options menu entryを使用してください。

l          Automated modeling. Automated modelingのために2つの便利な機能がある。Edit-Contour menuから開かれるAuto contouring ダイアログボックスは、領域周囲にcontourを引く。ここでの領域は、選択されたthreshold(閾値)の強度の上もしくは下にある領域を指す。Special menuから開かれるLine Trackプラグインは、形態に沿っておかれた2つのpoint間でpointをふさぐ、またはあるセクションから次のセクションにcontourをコピーする、そしてその位置を輪郭もしくはobjectにおける変化に適すために調節することによって、膜のような線状の形態に沿ってcontourを引く。

l          Pixel View window. ピクセルの強さの値のグリッドを示すウィンドウを開くために、Image-Pixel View menu entryを使ってください。イメージfileの正確な値が示されます。

l          Graph Window. ラインもしくはcontourに沿ったピクセル値のグラフを示すウィンドウを開くために、Image-Graphを使ってください。

l          Tumbler Window. 体積が異なる配向に傾けられるようなdataの小さな体積を通した投影を示すウィンドウを開くためにImage-Tumbler menu entryを使ってください。

l          Making movies. ホットキーを用いてウィンドウを撮影することができることに加えて、あなたは2つのダイアログボックスを開くことができます。このダイアログボックスは、あなたがmovieをつくるために一連の撮影画像を集めるのを助けます。3dmod Info Windowメニュー中のEdit-Movies entryは、Zap Windowからmovieを表現するためのボックスを開き、そしてModel View Windowメニュー中のFile-Movies entryがmodel viewのmovieをつくるためのボックスを開く。

l          Object color. あなたは、Model View WindowのEdit-Objectダイアログボックスを用いること同様に、3dmod Info WindowからEdit-Contour-Colorを用いることで、objects colorを変えることができます。

l          Editing contours. Edit-Contour menuは発展した形態編集の機能を備えています。あるobjectから別のobjectにcontourをムーブもしくはコピーするための機能を含む。そしてcontourを破壊もしくは加えるための機能も。

l          Tooltips. あなたが、マウスのボタンを押したままにするもしくは他の制御をそのままにする場合、tooltipはその制御を表す。